Эритрейские сепаратисты, много лет боровшиеся с марксистским режимом Эфиопии, в конечном счете, обеспечили свержение этого режима в союзе с эфиопской оппозицией. Последняя после общей победы просто не могла не предоставить Эритрее независимость, что было юридически оформлено в 1993 году. Однако отношения между бывшими союзниками по борьбе с Мариамом, новыми властями Эфиопии и Эритреи, испортились очень быстро. Страны начали предъявлять друг другу территориальные претензии, возникли серьезные экономические противоречия. В конечном счете, дело дошло до войны, которая стала последней крупномасштабной классической войной ХХ века.
В 80-е года эфиопская армия была формально одной из сильнейших в Африке. Еще более формально она оставалась таковой и к концу 90-х. На вооружении имелось до 300 танков, не менее 200 БМП и БТР, 18 бомбардировщиков МиГ-23БН, 10 истребителей МиГ-21МФ, 24 ударных вертолета Ми-24 и Ми-35 и 22 многоцелевых Ми-8. Однако вся техника (кроме, может быть, Ми-35) крайне устарела и очень плохо обслуживалась, уровень боевой подготовки также был очень низким. К тому же после смены власти в стране значительная часть командного состава армии была репрессирована.
На вооружении ВС Эритреи имелось до 80 танков и примерно столько же БМП и БТР, почти исключительно трофеи из состава эфиопской армии. ВВС состояли из 6 штурмовиков итальянского производства МВ339. С боевой подготовкой тоже было не очень хорошо.
Тем не менее, именно Эритрея 12 мая 1998 года силами трех механизированных бригад вторглась на территорию Эфиопии и захватила город Бадме (западный участок границы между странами), на который претендовали обе страны. В течение мая, пользуясь крайней пассивностью эфиопской стороны, эритрейские войска захватили также город Заламбесса на центральном участке границы и город Бурре на восточном. 4 июня два эритрейских МВ339 нанесли удар по городу Мэкэле, где погибло 44 мирных жителя, 1 из штурмовиков был сбит. В ответ эфиопские ВВС нанесли два удара по столице Эритреи Асмэре, потеряв при этом МиГ-21 и МиГ-23БН. Весь июнь шли тяжелые бои за Заламбессу, которая в итоге осталась в руках эритрейцев. Затем начался сезон дождей и война прервалась. За время паузы Эфиопия купила в России 8 истребителей Су-27 (в т.ч. 2 УБ), а Эритрея там же – 10 МиГ-29 (из них тоже 2 УБ). Кроме того, Эфиопия купила 140 Т-55 у Болгарии и 40 – у Белоруссии. Эритрея приобрела несколько РСЗО в Румынии. В эфиопской армии появились российские советники, в эритрейской – украинские. В Эфиопии были выпущены из тюрем практически все офицеры армии времен Мариама.
6 февраля 1999 года война возобновилась новым наступлением эритрейцев в районе Бадме, в ответ эфиопы начали наступления в центре и на востоке, а затем и у Бадме, который вернули 26 февраля. Накануне произошел воздушный бой между двумя эфиопскими Су-27 и четырьмя эритрейскими МиГ-29, в котором был сбит один из МиГов. В начале марта эфиопы попытались взять Заламбессу, но вынуждены были отступить, потеряв 57 танков. 18 марта эритрейцы захватили эфиопский Ми-35, совершивший вынужденную посадку на их территории. В мае эритрейцы попытались вернуть Бадме, но безуспешно. После этого война вновь остановилась из-за дождей. За время очередного перерыва обе стороны купили штурмовики Су-25 (Эфиопия – 10 в России, Эритрея – 8 в Грузии). Эфиопия приобрела в России 12 САУ 2С19 «Мста» (став их первым владельцем за пределами бывшего СССР) и 10 2С5 «Гиацнит-С», более 400 буксируемых орудий были куплены в России и Казахстане. На фронте у Эфиопии имелось 170 тысяч человек (15 дивизий) против 130 тысяч эритрейцев. Уже в феврале 2000 года эфиопы вернули город Бурре на восточном участке фронта.
12 мая 2000 года эфиопские войска развернули решающее наступление на западном участке. Накануне операции в тыл эритрейцам был заброшен эфиопский спецназ, перерезавший все коммуникации. Вскоре были захвачены города Шамбико, Барэнту и Тэсэнэй на территории Эритреи, разгромлены 8 эритрейских дивизий полностью и 7 – частично. Поскольку все эритрейские резервы были переброшены на западный участок, 25 мая эфиопская армия легко взяла Заламбессу и начала развивать наступление вглубь Эритреи, угрожая полностью разрезать узкую территорию этой страны. До Асмэры оставалось всего 50 км. В начале июня эритрейцы отбили Тэсэнэй, но ненадолго. На востоке возникла угроза прорыва эфиопов к порту Асэб. В целом, эфиопская армия провела исключительно успешную стратегическую операцию, в планировании которой очень значительное участие принимали российские советники.
18 июня 2000 года стороны подписали в Алжире соглашение о прекращении огня. Через год было согласовано создание демилитаризованной зоны шириной 25 км (в основном – вглубь Эритреи). Однако окончательно пограничные вопросы так и не решены, напряженность на границе сохраняется.
Данные о потерях сторон в войне 1998-2000 годов настолько противоречивы, что нет особого смысла их приводить.