Военная академия РХБ защиты по своей организационно-правовой форме является федеральным государственным казенным военным образовательным учреждением высшего профессионального образования Министерства обороны Российской Федерации и в соответствии с лицензией на осуществление образовательной деятельности реализует основные образовательные программы среднего профессионального образования, высшего образования (специалитет, магистратура и подготовка кадров высшей квалификации) и дополнительного профессионального образования по подготовке специалистов для Министерства обороны Российской Федерации и других федеральных органов исполнительной власти Российской Федерации, а также для вооруженных сил других государств в соответствии с контрактно-договорными обязательствами. 

Военно-химическая академия РККА (рабоче-крестьянской красной армии) была создана в соответствии с постановлением Совета Труда и Обороны, приказом Реввоенсовета № 39 от 13 мая 1932 г. на базе военно-химического отделения военно-технической академии РККА и второго химико-технологического института. Формирование академии завершилось к 1 октября 1932 г. В ее состав вошли: военно-инженерный, специальный и промышленный факультеты. 

Начальником академии был назначен корпусной комиссар Яков Лазаревич Авиновицкий, участник Гражданской войны, один из организаторов системы подготовки военных кадров для Красной Армии, военный комиссар Московских курсов газотехников, начальник Высшей военно-химической школы и директор 2-го Московского химико-технологического института, доктор педагогических наук, профессор. 

13 мая 1933 г. (к первой своей годовщине) академия превратилась в жизнеспособное сплоченное высшее военно-учебное заведение, способное качественно решать задачи по подготовке офицерских кадров - военных химиков. Во вторую годовщину за успехи, достигнутые в учебно-воспитательном и научно-исследовательском процессах, Реввоенсовет СССР удостоил Военно-химическую академию РККА почетного звания имени Наркома по военным и морским делам Маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова (приказ № 31 от 1934 г.). 

Приказом Наркома обороны № 125 от 19 августа 1937 г. академия была переименована в Военную академию химической защиты РККА имени К.Е. Ворошилова. 

Имея высококвалифицированный научный потенциал, академия быстро становится крупным учебным и научным центром Вооруженных Сил страны, инициатором научных разработок проблем вооружения химических войск и средств защиты. Идет бурный процесс формирования новых научных школ в результате, которого, выросла целая плеяда выдающихся ученых, прославивших отечественную химическую науку не только в своей стране, но и за рубежом. 

Война с германским фашизмом потребовала перестроить весь уклад жизни академии, исходя из потребностей действующей армии и фронта. Сокращены до минимума сроки подготовки специалистов: на командном факультете — до одного года, на инженерном — до двух лет. Второй курс инженерного факультета был переведен на сокращенный срок обучения по профилю командного факультета. Лишь первый курс инженерного факультета продолжал учебу по нормальному учебному плану. 

В 1958 году распоряжением Совета Министров СССР от 27 мая 1958 г. №2052-РС наименование Военной академии химической защиты имени К.Е. Ворошилова изменено на Военную академию химической защиты (приказ МО СССР от 3 июня 1958 г. №0119). 

За большие заслуги в подготовке офицерских кадров для Вооруженных Сил СССР и в связи с 50-летием Советской Армии и Военно-Морского Флота Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1968 г. (приказ Министра обороны СССР от 22 февраля 1968 г. №23) академия награждена орденом Красного Знамени (№ ордена - 550947). 

В торжественной обстановке 7 марта 1968 г. первый заместитель Министра обороны генерал армии С.Л. Соколов, впоследствии Маршал Советского Союза, от имени Президиума Верховного Совета СССР вручил академии орден Красного Знамени и Грамоту Президиума Верховного Совета. 

В целях увековечивания памяти Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко Постановлением Совета Министров СССР от 19 мая 1970 г. №344 (приказ МО СССР от 11 июня 1970 г. №140) академии присвоено имя Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко и впредь академия стала именоваться: «Военная Краснознаменная академия химической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко». 

Согласно Постановлению Правительства РФ от 29 августа 1998 г. № 1009 «О военных образовательных учреждениях профессионального образования МО РФ», Военная академия химической защиты им. Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко преобразована в Военный университет радиационной, химической и биологической защиты. В состав университета были включены: 

- Костромской филиал (созданный на базе Костромского высшего военного командного училища химической защиты);

- Тамбовский филиал (созданный на базе Тамбовского высшего военного командного училища химической защиты).

Еще до преобразования в Военный университет академия с 1 сентября 1998 г. была переведена на новый штат, который отражал минимальный состав управленческого аппарата, факультетов, кафедр, научных и других подразделений. 

В соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации от 19 января 2003 г. №22 изменено действительное наименование университета: Военный университет радиационной, химической и биологической защиты имени маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Москва). 

В соответствии с распоряжениями Правительства Российской Федерации № 937-р от 9 июля 2004 г., № 1625-р от 15 декабря 2004 г. и приказа Министра обороны Российской Федерации № 35 от 7 февраля 2005 г. «Военный университет радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Москва)» преобразован в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования, в «Военную академию радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко» с переходом прав и обязанностей в соответствии с разделительным балансом. 

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 126-р от 2 февраля 2006 г. принято решение о передислокации государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования – Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко из г. Москвы в г. Кострому.

В соответствии с Распоряжением Правительства Российской Федерации от 10 апреля 2006 года, принято предложение Министерства обороны Российской Федерации, о реорганизации Государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования Костромского высшего военного командно-инженерного училища РХБ защиты (военного института) и Военной академии РХБ защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома). 

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 473-р от 10 апреля 2006 г. и директивой Министра обороны Российской Федерации № Д-30 от 18 мая 2006 г. об организационных мероприятиях, проводимых в войсках радиационной, химической и биологической защиты в 2006 году, переформировать к 1 августа 2006 г. Костромское высшее военное командно-инженерное училище радиационной, химической и биологической защиты (военный институт) (МВО) в структурное подразделение Военной академии радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К. Тимошенко (г. Кострома). 

В соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 24 декабря 2008 года № 1951-р Саратовский военный институт биологической и химической безопасности, Нижегородское высшее военно-инженерного командное училище (военный институт) и Тюменское высшее военно-инженерного командное училище (военный институт) присоединены к Военной академии РХБ защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома) с последующим именованием академии: «Военная академия войск РХБ защиты и инженерных войск имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко» в качестве обособленных структурных подразделений. Распоряжение Правительства Российской Федерации от 11 ноября 2009 года № 1695-р созданы филиалы ВА РХБЗ и ИВ расположенные в городах (Кстово ) Нижегородская область и Тюмень. 

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 сентября 2011 года № 1639-р академии изменен тип образовательной организации. Академия стала именоваться федеральным государственным казенным военным образовательным учреждением высшего профессионального образования «Военная академия войск РХБ защиты и инженерных войск имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко» Министерства обороны Российской Федерации. 

Приказом Министра обороны Российской Федерации от 23 марта 2012 года № 610 филиалы ВА РХБЗ и ИВ, расположенные в городах (Кстово) Нижегородская область и Тюмень были ликвидированы к 1 июля 2012 года. С 1 июля 2012 года был создан филиал ВУНЦ СВ «Общевойсковая академия ВС РФ» в г. Тюмень. 

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 3 июня 2013 года № 895-р академия вновь стала именоваться «Военная академия радиационной, химической и биологической защиты имени Маршала Советского Союза С.К.Тимошенко (г. Кострома)».