Институт входит в состав Военной академии тыла и транспорта имени генерала армии А.В. Хрулева и готовит военнослужащих с высшим и средним военно-профессиональным образованием.

Институт является единственным в России Федеральным государственным образовательным учреждением высшего профессионального образования Министерства обороны РФ, осуществляющим подготовку и переподготовку для Вооруженных сил квалифицированных специалистов с высшим и средним профессиональным образованием по физической культуре и спорту, а также проводящим дополнительную лингвистическую подготовку по курсу «Переводчик в сфере профессиональной коммуникации». 

Основными направлениями деятельности НИИ ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» являются обоснование перспектив развития и строительства ВМФ, создание единого информационно-управляющего пространства; обоснование перспектив развития радиоэлектронного вооружения ВМФ и системы формирования информационных ресурсов, а также обоснование перспектив развития и применения телекоммуникационных технологий, комплексов, систем, средств связи ВМФ.

Институт является головной научно-исследовательской организацией в области формирования и развития системы ПСО, предотвращения и ликвидации чрезвычайных ситуаций на море и водных бассейнах России. Основные мероприятия по поисково-спасательному обеспечению в ВМФ выполняются при научно-техническом сопровождении специалистов института.

Объектом исследований института являются технологии создания подводных лодок и надводных кораблей, комплексов их оружия, в том числе ракетных, и вооружения, энергетика, корабельные системы автоматического управления, а также условия обитаемости личного состава.

Образовательный процесс в  учебном заведении характеризуется широкомасштабным внедрением автоматизированной системы электронного обучения. Усилия научно-педагогического состава направлены на создание предметно ориентированной обучающей среды на основе компьютеризации всего процесса обучения с включением в него новых информационных и педагогических технологий.

Концепция политехнического образования пронизывает всю программу обучения курсантов в течение пяти лет. Особый упор сделан на первые два года. Именно в этот период независимо от избранной специальности курсанты получат мощный базовый уровень технических знаний, который смогут в полной мере использовать в дальнейший трехлетний период специализации. 

Военный институт (военно-морской) ВУНЦ ВМФ «Военно-морская академия» сохраняет лидирующие позиции по подготовке офицеров и старшин штурманско-гидрографической специальности, а также специалистов по эксплуатации морских средств навигации, гидроакустического оборудования, ракетно-артиллерийского, противолодочного, торпедного и минного вооружения кораблей и подводных лодок.

Академия является прямым воплощением созданной в Вооруженных Силах РФ системы непрерывного военного образования военнослужащих на протяжении всей службы. Это позволяет готовить офицера на конкретную воинскую должность, оперативно наращивать необходимые военно-профессиональные знания, умения и навыки при назначении на новую воинскую должность или в случае изменения характера профессиональной деятельности.