В Отечественную войну 1812 года награждено 225 человек орденом Св. Анны 1-й степени (в том числе 54 — с бриллиантами). Из них за исключением одного полковника все генерал-лейтенанты и генерал-майоры, а также 3 гражданских лица соответствующего класса по табели о рангах.
28 декабря 1815 года орден был разделен на 4 степени, 4-я степень стала носиться на оружии. Так как орденский знак 4-й степени на оружии был малого размера и красного цвета, то получил неофициальное прозвище «Клюква».
С 1828 к ордену 3-й степени, выданному за боевые заслуги, прилагался бант, чтобы отличать от кавалеров, получивших 3-ю степень за гражданские заслуги.
В 1829 году вышел статут ордена, закрепивший все ранее сделанные изменения. Кавалерам 4-й степени разрешалось добавить надпись «За храбрость» на эфес холодного оружия, а сам орден официально именовался Орден святой Анны 4-й степени «За храбрость».
Было отменено украшение алмазами знаков ордена 1-й и 2-й степеней для российских подданных, но сохранилось для награждения иностранцев. Взамен ввели подразделения на знак ордена с императорской короной и без неё.
С 1847 орденом 3-й степени стали награждать чиновников «за беспорочную 12-летнюю службу в одной должности не ниже 8-го класса». Военным за выслугу лет орден давался за 8 лет хорошей службы в чине не ниже штабс-капитана.
С августа 1855 бант к ордену 3-й степени за боевые заслуги отменили, а взамен ввели для всех степеней (кроме 4-й) за боевые отличия два накрест лежащих меча. Если кавалер удостаивался ордена более высокой степени за гражданскую службу, то мечи переносились на новые знаки и крепились поверху.
В декабре 1857 бант восстановили, чтобы отличать офицеров от гражданских лиц, получивших орден с мечами за боевые заслуги (чиновников на войне). Тогда же во время Крымской войны разрешено было давать гражданским врачам за боевые заслуги на поле боя 4-ю степень, только не разрешалось делать надпись «За храбрость» на эфесе шпаги.
В феврале 1874 года отменили знаки ордена с императорской короной, введённые в 1829.
Капитульным храмом ордена была церковь святых Симеона и Анны в Санкт-Петербурге.
После Октябрьской революции декретом ВЦИК об упразднении чинов и сословий (1917) награждение Императорским Орденом Св. Анны было фактически прекращено. Орден продолжил существование как династическая награда дома Романовых в эмиграции. Устав ордена с того времени изменений не претерпел, за исключением оснований для награждения. О награждениях орденом после 1917 года см. статью Пожалования титулов и орденов Российской империи после 1917 года.
Первоначально, награжденные любой степенью ордена Св. Анны автоматически становились потомственными дворянами, однако с 1845 года это положение было изменено. Было установлено, что впредь только 1-я степень ордена даёт потомственное дворянство, а остальные степени — только личное. Исключением являлись лица купеческого сословия и инородцы-мусульмане, которые при награждении любой из степеней ордена, кроме 1-й, дворянами не становились, а получали статус «почётных граждан».