В Великую Отечественную войну (1941—1945 годов) Балтийский флот вступил в составе двух линкоров, двух крейсеров, 19 эсминцев, 65 подводных лодок, 656 самолётов и другого вооружения. Так что балтийцы под командованием адмирала Владимира Трибуца были готовы к борьбе с немецко-фашистскими захватчиками.

Моряки Балтийского флота обороняли Моонзундские острова, Таллин и полуостров Ханко, провели Таллинский переход, принимали активное участие в обороне Ленинграда в 1941—1944 годах, в 1944—1945 годах в разгроме немецко-фашистских войск под Ленинградом, в Прибалтике — Прибалтийская операция (в 1944 году), в Восточной Пруссии и Восточной Померании.

Обороняя Родину, балтийцы потопили 1205 боевых кораблей, транспортов и вспомогательных судов, уничтожили 2418 самолетов противника. Более 82 тысяч моряков были отмечены высокими государственными наградами, 173 балтийцам присвоено звание Героя Советского Союза, в том числе четырём — дважды.