Боевая подготовка на флоте, как и включавшаяся тогда в нее оперативная подготовка, регламентировалась приказами наркома ВМФ и осуществлялась согласно «Наставлению по боевой подготовке ВМФ СССР». Она включала одиночную подготовку матросов, подготовку подразделений боевых частей и служб кораблей, частей, кораблей и соединений, командиров и штабов.

     

Боевая подготовка строилась на основе принятых накануне войны руководящих документов: Временного наставления по ведению морских операций, Боевого устава Морских Сил и Наставления боевой деятельности штабов соединений ВМФ.

   

До 1940 года проводилась поэтапная подготовка сил флота, носившая ярко выраженный сезонный характер. Она не позволяла поддерживать боевую готовность флотов и флотилий постоянно на высоком уровне. 

В соответствии с директивой наркома ВМФ от 23 июня 1939 года было сформулировано положение «Об установлении для флота трех степеней готовности»; предусматривалось необходимое количество кораблей для  боевого ядра флотов (особенно зимой, когда большинство кораблей находилось в ремонте).

     

Изменению сложившегося положения способствовали и введение пятилетнего срока службы, увеличение процента сверхсрочнослужащих на флоте, наличие на всех театрах незамерзающих портов, накопление некоторого опыта проведения боевой подготовки в условиях начавшейся Второй мировой войны. Все это повлияло на организацию боевой подготовки. В соответствии с директивой наркома ВМФ № 12319 от 19 ноября 1939 года боевая подготовка на флотах и флотилиях, начиная с 1940 года, стала проводиться круглый год без деления на этапы в любых условиях. 

   

Главное внимание в боевой подготовке уделялось оперативно- тактической подготовке, которая предусматривала подготовку штабов, соединений, кораблей и частей к ведению морской операции и боя с применением всех видов оружия и технических средств, как самостоятельно, так и в составе разнородных сил флота. Высшей формой боевой (оперативной) подготовки и проверки боеспособности крупного оперативного соединения флота в целом являлись маневры.

Большое количество кораблей к началу войны находилось в стадии достройки и ремонта, поэтому уровень боевой подготовки соединений, частей и кораблей был различным. В состав первой линии на флотах входили только отдельные корабли, сдавшие все курсовые задачи. Так, в состав первой линии входили: на Северном флоте – только две подводные лодки, на Краснознаменном Балтийском – несколько эсминцев и подводных лодок, на Черноморском – один линкор, два эсминца и девятнадцать подводных лодок. В состав второй линии входили корабли, сдавшие первую и вторую курсовые задачи, то есть готовые к ведению одиночных боевых действий в простых условиях. В состав первой и второй линий входили 42% крупных надводных кораблей и подводных лодок Северного флота, 56 % –  Черноморского флота и до 35% – Балтийского флота. Остальные корабли были в организационном периоде или вне линии – в ремонте, в достройке и т.д.

     

К началу Великой Отечественной войны соединения кораблей только приступили к огневой подготовке и слеживанию подразделений кораблей для совместных действий. Особое внимание обращалось на подготовку дивизиона кораблей как основного тактического соединения к совместному плаванию. Отработка этих вопросов боевой подготовки находилась в начальной стадии. Основная часть корабельной артиллерии была подготовлена к проведению боевых стрельб по морскому противнику и по берегу, как правило, в несложной обстановке. Наиболее слабо были отработаны ночные стрельбы.

   

С началом навигации в мае 1941 года тральные силы Балтийского флота приступили к выполнению плана боевого траления, связанного с ликвидацией минных заграждений, поставленных во время советско-финляндской войны. Тральные работы по очистке Финского залива в полном объеме выполнены не были и с началом Великой Отечественной войны прекращены.

   

Боевая подготовка личного состава береговой обороны была организована на достаточно высоком уровне. Однако отрицательный момент состоял в том, что ни береговая, ни зенитная артиллерия не готовились к стрельбам по наземным целям. Основным недостатком в подготовке военно-воздушных сил флота являлась недооценка разведки над сушей. Военно-воздушные силы находились в стадии перехода на новую, более современную материальную часть. Личный состав соединений, частей и кораблей флотов и флотилий по уровню боевой подготовки к началу войны представлял собой еще молодые, недостаточно слаженные организационно корабли, которым на первых порах ставить сложные задачи было нельзя. Следовательно, лишь часть кораблей и частей могла быть полностью использована для решения боевых задач по отражению внезапного нападения агрессора.