20 февраля 1917 года он был назначен командиром 186-го Сибирского стрелкового отдельного легкого артиллерийского дивизиона, формируемого на Северном фронте. 25 марта 1917 года А.П. Перхуров  прибыл и вступил в командование дивизионом. Руководил артиллерийскими курсами 12-й армии в Юрьеве (Тарту), Эстонии (11.1917). Демобилизован в декабре 1917 года (как военный, "достигший 40-летнего возраста"). 

24 декабря 1917 года покинул г. Юрьев и выехал проездом через Москву на Дон, где начала формироваться Добровольческая армия. 06 января 1918 года он прибыл в Новочеркасск, оттуда в Ростов-на-Дону. Был зачислен в резерв генералов и штаб-офицеров Добровольческой армии. В марте 1918 года отправлен генералом Л.Г. Корниловым в Москву для формирования добровольческих отрядов в Центральной России. Проездом через г. Бахмут Екатеринославской губернии, где оставалась его семья, Перхуров в начале февраля 1918 года прибыл в Москву. Вступил в «Союз защиты Родины и Свободы» (руководитель — Б.В. Савинков), начальник штаба этой организации. 

Около 28 июня 1918 года прибыл в Ярославль для организации восстания. 6 июля 1918 года он возглавил восстание, свергнувшее советскую власть. На подавление восстания были брошены крупные силы Красной Армии. В ночь на 17 июля 1918 года Перхуров с отрядом в 50 человек на пароходе ушел из осажденного Ярославля, с намерением предпринять диверсию против осаждающих город частей РККА. Однако замысел не удался, и к моменту выхода в намеченный район восстание в Ярославле было уже подавлено.

После этого Перхуров отправился на восток, где в Казани 2 сентября 1918 года он поступил на службу в Народную армию Самарского Комуча. После сдачи Казани он возглавил Казанскую бригаду, действовавшую в составе отряда полковника Каппеля. Участник боев под Бугульмой 6-13 октября 1918 года. В октябре 1918 года силы Каппеля отошли к Уфе.

С декабря 1918 года по январь 1919 года Перхуров находился на лечении в Омске. В феврале 1919 года отряд Каппеля был отведен в район Челябинска и Кургана, где был переформирован в 1-й Волжский корпус, а входящие в его состав бригады переформированы в стрелковые дивизии: 1-я Самарская, 3-я Симбирская, 13-я Казанская. С 15 мая 1919 года Перхуров во главе 13-й Казанской дивизии снова находился на фронте, участвовал в боях от Белебея до Белорецкого завода (05.-07.1919). 17 июня 1919 года адмиралом А.В. Колчаком он был произведен в чин генарал-майора (ст. 15.11.1918 — за подготовку и руководство Ярославского восстания), получил почетное именование Перхуров-Ярославский. 

В середине июля 1919 года Перхуров был вызван в штаб 3-й армии в Челябинск и назначен генералом К.В. Сахаровым начальником партизанских отрядов 3-й армии. В августе 1919 года отряд Перхурова (ок. 400 чел.) действовал в районе севернее Кустаная. 

После распада Южной армии в начале ноября 1919 года с отрядом (1 сотня и 1 эскадрон) Перхуров прибыл в Омск накануне падения города. В ходе дальнейшего отступления, к югу от Красноярска, он вел отряд на север по течению Енисея, и далее по Ангаре и Илиму. Встретив под Илимском заслоном части Красной армии, Перхуров  свернул в тайгу, держа направление на северную оконечность Байкала. Сбившись с пути, отряд Перхурова вышел к р. Лене у с. Подымахинского. Здесь 11 марта 1920 года он попал в окружение партизан и вынужден был сдаться. Перхуров был привезен в Иркутск (заболев по дороге тифом). 

Он находился заключении в Иркутске, Челябинске, Екатеринбурге. В январе 1921 года был освобожден и назначен на службу как «военспец» в штаб Приуральского ВО в Екатеринбурге. 20 мая 1921 года был арестован ВЧК Екатеринбурга и перемещен в Бутырскую тюрьму Москвы, где, находясь в заключении, написал воспоминания. В июне 1922 года в Ярославле по его делу состоялся показательный судебный процесс. По приговору выездной Военной коллегии Верховного ревтрибунала (председатель Ульрих) А.П. Перхуров был расстрелян во дворе Ярославской губернской ЧК. Похоронен, вероятно, на Леонтьевском кладбище города.