С середины XIX века киргизские и казахские племена, подчинённые ханству,
стали переходить в российское подданство, не в силах терпеть произвол и беззаконие кокандских наместников. Это привело к вооружённым конфликтам ханства
с российскими войсками. Один из таких конфликтов закончился тем, что российский полковник Черняев занял Ташкент, уничтожив значительные силы местного полевого командира Якуб Бега, после чего заставил подписать местного князя Худояр-хана торговый договор об образовании единого экономического пространства с Россией. Хану даже вручили бриллиантовые знаки ордена святого Станислава I степени и титул «светлости». 

Увы, урок не был усвоен – в Кокандском ханстве неоднократно вспыхивали мятежи,
а местные муллы чуть ли не каждый год объявляли газават – священную войну.
И это было не пустой угрозой: один из отрядов кокандцев по дороге в Ходжент захватил и безжалостно вырезал семьи русских офицеров.  

Впрочем, иногда нападавшие сталкивались с ожесточенным сопротивлением. ямщицким старостой был отставной солдат 3-го стрелкового батальона, крестьянин Псковской губернии Степан Яковлев. Узнав о приближении кокандцев, он закрыл
и завалил дровами и мебелью ворота в станционный двор, а сам засел на стоявшей напротив ворот вышке. Когда кокандцы явились к станции отважный ямщик открыл огонь из винтовки. Почти двое суток один человек удерживал целый отряд.
В конце концов кокандцы, пользуясь численным преимуществом подожгли станцию. Тогда Яковлев бросился на толпу врагов, раздавая им удары прикладом, но был зарублен. Отсеченную голову смельчака увезли в Коканд. Уже в 1877 году на месте гибели Яковлева была установлена плита, а в 1895 году — гранитный обелиск
с мраморным крестом. 

В ответ на этот террор российский император Александр II решил радикально решить «Кокандский вопрос». Император направил войска под командованием легендарного генерала Михаила Скобелева, отдав ему приказ не церемониться.  

И такого быстрого разгрома еще не знало Кокандское ханство: профессиональная русская армия стерла в порошок все банды басмачей, привыкших жить разбоем
и нападениями на женщин и детей. Хана Абдуррахмана Автобачи под конвоем отправили в Петербург, а вот главного идеолога «газавата» Пулат-бека расстреляли
на той самой площади, где он привык творить кровавые расправы над русскими пленными. 

Самостоятельность Кокандского ханства была ликвидирована полностью.
Его территория была включена в состав Туркестанского генерал-губернаторства
в качестве Ферганской области.