Родился 27 октября 1941 года в семье военнослужащего в городе Луцк УССР.
В Советской Армии с 1966 года. В 1969 году закончил Ташкентское высшее танковое командное училище. 

До 1974 года служил в Пограничных войсках. С 1974 года обучал первый состав только что созданного спецподразделения КГБ (Группа «А»), руководимого Героем Советского Союза Бубениным, вождению боевых машин и стрельбе из вооружения, установленного на бронетехнике. В 1978 году капитан Карпухин проходил службу
в Пограничном училище (МВПККУ) в должности командира автороты

В сентябре 1979 года Виктор Фёдорович Карпухин принят на службу в Группу «А» («Альфа») 7-го Управления КГБ СССР, где прошёл путь от заместителя командира
4-го отделения до руководителя «Альфы». За этот период неоднократно руководил
и лично участвовал в различных оперативно-боевых мероприятиях и специальных операциях, в том числе в штурме дворца «Тадж-Бек» (резиденция главы Афганистана Хафизуллы Амина) в столице Республики Афганистан — городе Кабуле 27 декабря
1979 года.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 28 апреля 1980 года «За мужество
и отвагу, проявленные в специальных боевых операциях» капитану Карпухину Виктору Фёдоровичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина
и медали «Золотая звезда».

По окончании Высшей школы КГБ СССР, с 1984 года он заместитель начальника
Группы «А». В 1988 году бойцы «Альфы» освобождали детей в Орджоникидзе. Вместе
с «Альфой» прошёл все «горячие точки» на территории СССР.

В 1988-1991 годах Виктор Фёдорович Карпухин возглавлял Группу «А» («Альфа»).
В августе 1990 года «альфовцы» Карпухина вместе с бойцами Группы «Витязь» освободили заложников из сухумского следственного изолятора. Эта специальная операция, как и штурм дворца Амина, золотыми буквами вписана в историю легендарного подразделения антитеррора. После событий в Москве, 19-21 августа 1991 года, генерал-майор  Карпухин в запасе. На суде по делу ГКЧП заявил,
что не получал приказ о штурме Верховного Совета РСФСР. Его показания упоминаются в оправдательном приговоре Валентину Варенникову.

С 1991 по 1992 годы — руководитель Службы безопасности Президента Казахстана Нурсултана Назарбаева. После чего, с 1993 года работал в сфере частного детективного бизнеса, и с этого же времени — председатель правления Ассоциации ветеранов войны в Афганистане. Член Комитета Торгово-промышленной Палаты РФ
по безопасности предпринимательской деятельности. Возглавлял крупную некоммерческую структуру «Росфонд». Вёл активную общественную деятельность, направленную на оказание помощи ветеранам боевых действий в Афганистане
и Чеченской Республике.

Скончался Виктор Фёдорович Карпухин в ночь с 23 на 24 марта 2003 года в поезде «Минск-Москва». Похоронен 27 марта 2003 года в Москве на Николо-Архангельском кладбище.