Родился 10 июля 1799 года в Штутгарте в семье советника. Первоначальное образование получил в пансионе при Московском университете, затем учился
в Главном немецком училище св. Петра. В 1811 поступил в Царскосельский лицей, который закончил вместе с Пушкиным в 1817 году. В том же году поступил волонтёром на флот, где в младших чинах участвовал в ряде кругосветных и полярных экспедиций. 

30 июня 1831 года, в чине капитан-лейтенанта, командуя бригом «Ахиллес», в сражении с идриотами острова Пароса, отличился при атаке корвета «Специя», взорванного
им под огнём береговых батарей. Вернувшись в 1834 году в Кронштадт, Матюшкин некоторое время командовал фрегатом «Амфитрида», но вскоре был переведён
в Черноморский флот. Командуя фрегатом «Браилов» и кораблём «Варшава», крейсировал у Кавказских берегов, неоднократно перевозя десантные отряды
и принимая деятельное участие в делах против горцев; в 1838 году участвовал в битве против горцев и при взятии местечек Туапсе и Шапсухо и за отличие произведён
в капитаны 2-го ранга. В 1840 году произведён в капитаны 1-го ранга и в 1849 году —
в контр-адмиралы.

Переведённый на Балтику, Матюшкин был назначен командиром 3-й бригады
3-й дивизии Балтийского флота и в 1850—1851 годах плавал у берегов Дании,
Шлезвига и Голштинии.

Назначенный в 1852 году вице-директором инспекторского департамента, он посвятил себя административной деятельности: участвовал в составлении нового морского устава, исправлял должность главного командира Свеаборгского порта, состоял членом морского генерал-аудиториата, цензором от морского министерства, членом разных комитетов и с 1858 года председателем Морского учёного комитета. 

26 августа 1856 года Матюшкин был произведён в вице-адмиралы и 30 августа
1861 года назначен сенатором и с 1865 года был первопристутсвующим
во 2-м отделении 5-го департамента Сената, 9 июня 1867 года произведён в адмиралы.

Умер 16 сентября 1872 года в Санкт-Петербурге. Похоронен на Смоленском лютеранском кладбище.