Родился 14 июля 1901 года в деревне Урывки Орловской губернии (ныне Елецкий район, Липецкая область.

В 1919 году вступил в ряды Красной Армии. Во время гражданской войны красноармеец Елецкого заградительного отряда, с мая курсант Елецких пехотных курсов, переименованных затем в пехотные курсы красных командиров Юго-Западного фронта. 

В составе этих курсов в мае — июне 1919 года участвовал в боях на Южном фронте против войск генерала Деникина в районе города Калач, станция Березина, в августе — сражался с конницей генерала Мамонтова в районе города Елец, затем
с июля 1920 года в составе 212-го Московского стрелкового полка
24-й Самаро-Ульяновской Железной стрелковой дивизии сражался против белополяков и петлюровцев на Юго-Западном фронте.

Командовал взводом, а затем ротой.

В 1921 году — участник ликвидации бандитизма в Подольской губернии. После окончания гражданской войны — командир батальона, начальник штаба стрелкового полка.

Обучался на стрелково-тактических курсах усовершенствования комсостава РККА «Выстрел» имени Коминтерна.

В 1929 году окончил пехотные курсы в городе Елец. С 1930 года преподавал тактику
на ленинградских курсах переподготовки комсостава запаса. Позже был назначен там же — начальником учебной части.

Владимир Иванович Щербаков  — выпускник Военной академии имени М. В. Фрунзе (1938 год).

С 1938 года служил помощником командира, а с марта 1939 года — командиром 104-й стрелковой дивизии в Ленинградском военном округе, с ней участвовал в Зимней войне 1939—1940 года.

С января 1941 года назначен командиром 50-го стрелкового корпуса в ЛВО, который прикрывал северо-западную границу СССР на Карельском перешейке, занимался строительством укрепленного района на новой границе с Финляндией.

С корпусом в августе 1941 года на Ленинградском фронте вступил в Великую Отечественную войну.

Позже с 5 августа по 01 сентября 1941 года командовал 42-й армией, находившейся
на формировании. В боях был контужен и направлен на излечение в ленинградский госпиталь. 31 августа, не завершив лечение, Владимир Иванович  был назначен командующим 8-й армией (01 августа 1941 года — 24 сентября 1941 года). В ходе ожесточенного сражения во взаимодействии с силами КБФ войска под командованием Щербакова отстояли ораниенбаумский плацдарм, сыгравший важную роль в битве
за Ленинград. 

24 сентября 1941 года командующим войсками фронта генералом армии Жуковым
и членом Военного совета Ждановым от занимаемой должности был отстранен
«как несправившийся» и назначен командиром 11 стрелковой дивизии (27  сентября 1941 года — 06 марта 1942 года).

Был заместителем командующего 23-й армией.

С марта 1942 года и до конца войны командовал 14-й армией, сражавшейся
на Карельском фронте и участвовавшей в обороне Ленинграда и Заполярья. Соединения армии под его командованием вели напряженные оборонительные бои
с численно превосходящими силами немецко-фашистских войск на мурманском, Кандалакшском и ухтинском направлениях, сорвав планы немецкого командования
по захвату Мурманска.

Войска под руководством командующего Владимир Иванович Щербаков 
во взаимодействии с Северным флотом осуществили успешную Петсамо-Киркенесскую операцию 1944 года. В состав армии на то время входили 8 стрелковых дивизий,
5 стрелковых, 1 танковая, 2 инженерные бригады, бригада реактивных установок,
21 артиллерийский и миномётный полк, 2 тяжелых самоходных артиллерийских полка. (97 тысяч человек, 2212 орудий и миномётов, 107 танков и САУ).

После окончания войны с августа 1945 года, по расформировании армии, находился
в распоряжении ГУК НКО. С октября 1945 года по февраль 1947 года Владимир Иванович Щербаков  служил заместителем командующего войсками Прибалтийского военного округа, затем был назначен командующим войсками Архангельского военного округа, которым командовал по май 1949 года.

В 1947 году окончил академические курсы при Высшей военной академии
К. Е. Ворошилова.

С мая 1949 года — командующий войсками Горьковского военного округа, с января 1953 года — 1-й заместитель командующего войсками Воронежского военного округа.

С августа 1957 года — в отставке.

Избирался депутатом Верховного Совета СССР III созыва.

Умер 4 ноября 1981 года в  городе Ленинграде.