Родился 7 октября 1949 года в селе Глебово  Рыбновского района Рязанской области
в семье служащих. После окончания в 1967 году средней школы поступил на военную службу, курсант. 

В июле 1971 года с золотой медалью окончил Московское высшее общевойсковое командное училище им. Верховного Совета РСФСР, лейтенант. С сентября 1971 года проходил службу в Группе советских войск в Германии (ГСВГ): командир мотострелкового взвода 68-го гвардейского мотострелкового полка 27-й гвардейской мотострелковой дивизии 1-й гвардейской танковой армии, затем командовал мотострелковым взводом 202-го гвардейского мотострелкового полка 6-й гвардейской танковой дивизии. В мае 1974 года назначен командиром мотострелковой роты,
а в сентябре 1975 года — мотострелкового батальона. После пяти лет службы в ГСВГ,
в августе 1976 года, поступил слушателем на основной факультет Военной академии имени  М. В. Фрунзе. В июне 1979 года, после окончания академии с золотой медалью, майор Макаров получил назначение в 36-ю общевойсковую армию Забайкальского военного округа на должность начальника штаба — заместителя командира гвардейского мотострелкового полка, а в ноябре 1980 года назначен командиром этого полка. 

В декабре 1981 года, он начальник штаба — заместитель командира гвардейской мотострелковой дивизии, затем командовал 52-й и 198-й мотострелковыми дивизиями в округе. Во время службы в Забайкалье Николай Егорович Макаров избирался народным депутатом горсовета городе Улан-Удэ. За 12 лет службы в гарнизонах Забайкальского военного округа Николай Егорович приобрел значительный опыт руководства частями и соединениями. 

В июне 1991 года он поступил на основной факультет Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил СССР имени К. Е. Ворошилова, которую окончил с золотой медалью в 1993 году. 

После окончания академии генерал-майор Макаров с августа по декабрь 1993 года исполнял обязанности начальника штаба Объединенной группировки российских войск на территории Республики Таджикистан. В декабре 1993 года его назначают в Калининград начальником штаба — первым заместителем командующего 11-й отдельной гвардейской общевойсковой армией Прибалтийского военного округа. 

С марта 1997 года Николай Егорович Макаров командующий 2-й гвардейской армией Приволжского военного округа, а в январе 1998 года его назначают командующим сухопутными и береговыми войсками — заместителем командующего Балтийским флотом по сухопутным и береговым войскам. В этот период на него была возложена задача реорганизации включенной в состав Балтийского флота в порядке эксперимента 11-й гвардейской отдельной общевойсковой армии. 

Во время учений «Запад», проходивших летом 1999 года, действия Николая Егоровича Макарова получили высокую оценку присутствовавшего на маневрах Министра обороны Игоря Дмитриевича Сергеева. С сентября 1999 года генерал-лейтенант Макаров начальник штаба — 1-й заместитель командующего войсками Московского военного округа. 

9 мая 2001 года, исполняя обязанности командующего войсками округа,
генерал-полковник Макаров командовал военным парадом на Красной площади
в честь 56-й годовщины Победы в Великой Отечественной войне. 

В декабре 2002 года его назначают командующим войсками Сибирского военного округа, а в 2005 году присваивают воинское звание генерала армии. 

В апреле 2007 года Николая Егоровича Макарова назначают начальником вооружения — заместителем Министра обороны. 

В июне 2008 года генерал армии Николай Егорович  Макаров назначен на должность начальника Генерального штаба Вооруженных Сил Российской Федерации —
1-го заместителя Министра обороны Российской Федерации. Уже через два месяца после назначения ему пришлось пройти боевое крещение в новой должности, приняв участие в руководстве августовской операцией по принуждению Грузии к миру.

С 2008 года Николай Егорович  Макаров активно занимался вопросами реформирования российской армии. В результате проведения реформы на основе военных округов были созданы оперативно-стратегические командования, вместо авиационных полков и дивизий появились авиационные базы. За четыре года в стране существенно изменилась система военного управления, сократилась до одного миллиона общая численность армии. Значительно выросло денежное содержание офицеров, решаются их жилищные проблемы. Удалось принять новую программу перевооружения армии до 2020 года и приступить к решению многолетних проблем
с гособоронзаказом. 

В 2008 — 2012 годы являлся членом Совета Безопасности РФ. Кандидат политических наук. В ноябре 2012 года генерал армии Макаров был освобожден от занимаемой должности и уволен с военной службы.