Родился 8 марта 1944 года в Москве, в семье военного Никитина Якова Григорьевича 

и Никитиной Веры Сергеевны. В 1962 окончил среднюю школу № 587 ФОНО города Москвы по адресу Хилков переулок, дом 3. Окончил физический факультет Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова (1968 год). 

Физик, кандидат физико-математических наук. Работал научным сотрудником 

в Институте органической химии АН СССР и в Институте биологической физики 

АН СССР.

С 1962 года пишет песни на стихи российских и зарубежных поэтов. Сергей Никитин активно участвовал в работе агитбригады физического факультета МГУ как музыкант, композитор, руководитель квартета Физфака МГУ. Важной частью репертуара квартета и агитбригады были песни Никитина на стихи выпускников физфака МГУ Сергея Крылова, Валерия Миляева и Геннадия Иванова. Первую песню «В дороге» 

(«Ночь, и снег, и путь далёк…») на стихи И. Уткина Никитин сочинил в декабре 

1962 года.

Сергей Никитин был организатором и руководителем квартета физиков МГУ 

(1963—1967 годы), а также квинтета физиков (1968—1977 годы), в котором пела 

и Татьяна Хашимовна Садыкова, в 1968 году ставшая женой композитора 

и его партнёром по сцене. В квинтет студентов-физиков помимо него самого 

и его супруги входили также Кармен Сантакреу (Carmen Santacreu), Владимир Улин 

и Николай Туркин. В 1972 году квинтет принимал участие в 3-м Фестивале политической песни в Берлине. С самого начала концертной деятельности Никитин получил большую известность в студенческой среде, а позже и за её пределами, благодаря своему редкому композиторскому дару, мастерской игре на гитаре 

и оригинальным ансамблевым аранжировкам.

В 1978 году Татьяна и Сергей Никитины познакомились с французским музыкантом 

и дирижёром Полем Мориа. Два месяца спустя Поль Мориа записал на фирме Phillips инструментальную версию песни Виктора Берковского и Сергея Никитина 

«Под музыку Вивальди». Песня была включена в диск «Dans les Yeux d’Émilie.»

В 1980 году фильм режиссёра Владимира Меньшова «Москва слезам не верит» 

с музыкой Сергея Никитина получил премию «Оскар» в номинации лучший иностранный фильм года.

Музыка Сергея Никитина широко востребована в театре, кино, на телевидении 

и радио. Несколько лет, с 1987 по 1995 год Сергей Никитин работал заведующим музыкальной частью московского театра «Табакерка» под руководством 

Олега Табакова. В настоящее время Никитин — заслуженный деятель искусств РФ, лауреат Царскосельской художественной премии (1997 год), свободный художник.