Важнейшее место в системе руководства и управления военной организацией государства занимает Президент Российской Федерации, который согласно Конституции и закона «Об обороне» является Верховным Главнокомандующим Вооруженных Сил РФ.

При вступлении в должность в приносимой присяге Президент Российской Федерации клянется «...защищать суверенитет и независимость, безопасность и целостность государства...».

В мирное время Президент Российской Федерации как Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами осуществляет общее политическое руководство Вооруженными Силами. Он утверждает Концепцию национальной безопасности, военную доктрину России, концепцию и планы строительства Вооруженных Сил, мобилизационные планы и другие акты в сфере военного строительства. Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами в пределах своих полномочий издает приказы и директивы, обязательные для исполнения Вооруженными Силами, другими войсками, воинскими формированиями и органами. Президент ежегодно издает указы о призыве на военную службу (с указанием числа призывников), об увольнении в запас военнослужащих определенных возрастов, а также выслуживших установленный законом срок военной службы, утверждает план гражданской обороны, подписывает международные договоры о совместной обороне и военном сотрудничестве. Им утверждаются структура и состав Вооруженных Сил, общевойсковые уставы, Положения о Министерстве обороны, Генеральном штабе Вооруженных Сил, положения о других войсках и воинских формированиях.

В военное время военно-политическое руководство государством осуществляет Государственный комитет обороны (ГКО), возглавляемый Президентом Российской Федерации. Военно-стратегическое руководство Вооруженными Силами и другими войсками осуществляет Ставка Верховного главного командования (ВГК), возглавляемая Президентом Российской Федерации - Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами Российской Федерации.