В начале 1915 года началась подготовка к крупной десантной операции  с целью захвата Константинополя и окончательного разгрома Турецкой империи. Оба батальона Гвардейского флотского экипажа перевезли в Одессу, затем перебросили в Севастополь, где они начали тренировки по отработке приемов десантирования. Батальоны свели в один, который получил название Отдельный батальон Гвардейского экипажа. Из Петрограда доставили знамя, в состав батальона влился оркестр экипажа.

В августе 1915 года севернее Севастополя у поселка Кача моряки произвели учебную высадку на берег, рельефом повторяющий место на турецком побережье, где планировалось боевое десантирование. Но на этом все и закончилось. Операция была отменена. В дальнейшем батальон раздробили. Две роты покинули его еще летом 1915 года, вернувшись в крепость Новогеоргиевск и Варшаву.  После отмены операции на Черном море часть моряков отправилась во Владивосток на комплектование экипажа выкупленного у японцев крейсера «Варяг». Остальные роты влились в состав Особой армии генерала Безобразова, составленной из гвардейских частей и после многомесячного пребывания в глухом резерве оказались после Брусиловского прорыва на передовой под Ковелем.  Войну «гвардейские моряки особого назначения» закончили в начале 1917 года, когда их перебросили с румынского фронта в Петроград, где им поручили охрану царской семьи. 

Отдельный батальон 1-го Балтийского флотского экипажа взводами и ротами по ротации нес службу в районе Архангельска. Известно также, что его матросы входили в 10-тысячный отряд генерал-майора Алексея Потапова, совершивший весной 1915 года набег на город Мемель. Судя по докладной записке командующего Отдельным корпусом жандармов генерал-майором Владимиром Джунковским, вели себя матросы, как впрочем, и остальные участники экспедиции, мягко говоря, нехорошо. Обычно мародерство и насилия над мирным населением приписывали казакам, а в Мемеле отличились более других флотские. Правда, есть одно тому объяснение: батальон капитана I ранга Пекарского частично формировался из матросов, списанных из экипажей и имевших дисциплинарные взыскания. «Многие высказываются за полную необоснованность набега  на   Мемель  без надежды удержать его за собой, тем более что части, назначенные для набега, далеко не соответствовали своему назначению, а особенно морской батальон, совершенно не ознакомленный с пехотным боем, а главное — недисциплинированный и распущенный» – сообщал Джунковский . Чем не «пираты ХХ века»?