В ходе Ливонской войны, целью которой был выход России к Балтийскому морю, Русское государство стремилось снять блокаду, установленную Ливонией, Польско-Литовским государством и Швецией. Одновременно Россия пыталась наладить торговые отношения с европейскими странами без посредников, прежде всего через Нарву, Ревель и Ригу.

       

22 января 1558 года 40-тысячная русская армия вторглась в пределы Ливонии в районе Изборска более чем на 200 км, совершив рейд в направлении Тарту, Раквере и Нарвы. Стремясь оказать давление на ливонские власти, русские войска полностью опустошали территории, по которым проходили. Весной армия царя Ивана IV вернулась в Новгород с богатой добычей, ведя с собой толпы пленников. Магистр Ливонского ордена запросил мира. Военные действия временно были прекращены. Однако ливонцы нарушили это перемирие.

     

В начале апреля во время Великого поста Ивангород неожиданно обстреляли из Нарвы. Русские воеводы Куракин и Бутурлин известили об этом царя, и государь велел открыть ответный огонь. Из Ивангорода открыли ответный огонь, и более недели Нарва подвергалась артиллерийскому обстрелу. Большие разрушения и гибель людей вынудили бургомистра Нарвы снова просить о перемирии. 9 апреля обстрел Нарвы прекратился. В Москву на переговоры поехали нарвские депутаты Иоахим Кругаузен и Ариндт фон Деден, а в Ивангороде остались два заложника. Снова установилось непродолжительное перемирие, которое ливонцы нарушили. Узнав о том, что магистр Ливонского ордена послал под Нарву подкрепление, они открыли по Ивангороду кратковременный огонь из пушек, чем немедленно вызвали ответный огонь.

     

11 мая 1559 года наступила развязка. Утром в Нарве вспыхнул пожар. Огонь вынудил жителей оставить город и укрыться в замке. Увидев, что город охвачен паникой, русские войска воспользовались благоприятным моментом и устремились на штурм Нарвы. На лодках, спешно сколоченных плотах, досках и других подручных средствах они быстро переправились через реку и ворвались в горящую Нарву. Через «Русские ворота» вошли войска под командованием Алексея Басманова и Данилы Адашева, а через «Колыванские» – войска под командованием Ивана Бутурлина. Защитники Нарвы не успели перетащить свои пушки со стен в замок, и ими тут же завладел противник. После некоторого ослабления огня ландскнехты попытались выбить русские войска из города, но это им не удалось. Положение в Нарве было отчаянное: по замку велся огонь не только из Ивангорода, но и с собственных городских стен, поскольку нарвские пушки были захвачены русскими. Защитники замка вынуждены были сдаться.

     

К вечеру 11 мая стороны договорились об условиях сдачи замка. В темноте город покинули отряды гарнизона и те жители Нарвы, которые не пожелали присягать на верность русскому царю. Победители выполнили свое обещание: отпустили пленных и разрешили уйти всем желающим. Русским войскам достались богатые военные трофеи, в том числе 230 пушек. В Москву поскакал гонец с сообщением о захвате Нарвы. Весть о победе дошла до царя. Победную весть встретили колокольным звоном.

Взятие Нарвы имело исключительное значение для Русского государства. Расположение города на реке вблизи моря давало ему возможность выполнять функции торгового порта – главного звена в экономических связях России с европейскими странами. Населению города были предоставлены многие торговые льготы и привилегии.

     

В связи со сменой власти произошли большие изменения в религиозной жизни горожан. В завоеванном городе Иван IV приказал очистить место «от веры латинской и лютеровой» и построить два православных храма: один – в городе, второй – в крепости. Первое каменное здание возвели в Старом городе на Вышгородской улице. Церковь была небольшой, одноглавой, с квадратным планом.

   

Сходное по архитектуре второе здание построили на территории Ивангородской крепости. Архиепископ Новгородский Пимен отправил в Нарву в 1558 году делегацию православного духовенства, чтобы освятить храмы. Зная нужду в колоколах для новых церквей, псковичи один привезли с собой. Колокол, отлитый в 1518 году, был пожертвован для Нарвы псковским Свято-Троицким собором. Он сохранился до настоящего времени.

     

По русским источникам, взятие Нарвы в 1558 году сопровождалось чудом. В псковской летописи сказано: немцы варили пиво и, издеваясь, подбросили под котел образ Николая Чудотворца, принадлежавший псковским купцам. Пламя выскочило из печи и спалило дом, где произошло кощунство, а затем и весь город. Впоследствии в пепле нашли целыми брошенный в печь образ Николая Чудотворца, а также икону Божией Матери Одигитрии (Тихвинской).

   

Ливонские летописцы, размышляя о бедствиях своего отечества, приводят в хрониках ряд чудесных явлений и знамений, пророчивших гибель Ливонии в середине XVI столетия. Все источники – и русские, и ливонские – указывают один и тот же дом, где начался пожар. Он принадлежал парикмахеру Кордту Улькену. Называя причину этого пожара, все летописцы указывают на гнев Божий.