Военно-морской флаг был учрежден Указом Президента Российской Федерации от 21 июля 1992 года № 798 «О военно-морских флагах и вымпелах Российской Федерации». Флаг образца 1992 года представлял собой кормовой флаг кораблей Российского Императорского флота за исключением цвета Андреевского креста: белое полотнище с двумя диагональными полосами голубого цвета.

Статьей 3 Федерального закона от 29 декабря 2000 года № 162-ФЗ «О знамени Вооруженных Сил Российской Федерации, знамени Военно-Морского Флота, знаменах иных видов Вооруженных Сил Российской Федерации и знаменах других войск» установлено:

Знамя Военно-Морского Флота состоит из двустороннего полотнища, древка с навершием, со скобой и с подтоком. Полотнищем знамени Военно-Морского Флота является Военно-морской флаг Российской Федерации, представляющий собой белое прямоугольное полотнище, пересеченное синим диагональным (Андреевским) крестом. Отношение ширины флага к его длине 2:3. Отношение ширины концов креста к длине флага 1:10.

Флагу был возвращен исторический синий цвет диагонального креста. Данный закон вступил в силу 1 января 2001 года.