Флаг Железнодорожных войск Российской Федерации представляет собой полотнище белого цвета прямоугольной формы. Отношение ширины флага к его длине составляет 2:3. 

От центра полотна к углам расходятся четыре зелено-черно-зеленых луча, расширяющихся по мере приближения к границам флага. В самом центре, перекрывая перекрестье лучей, размещена малая эмблема ЖДВ — железнодорожное колесо с крыльями, на которое опирается пролет железнодорожного моста. Колесо поддерживается перекрещенными молотком и путевым ключом.

Крылья — символ мобильности, олицетворяющий собой способность быстрого передвижения войск ЖДВ к необходимой точке. Путевой ключ и молоток — символ надежности путей и способ их постоянной поддержки в рабочем состоянии.