Флаг Войсковой противовоздушной обороны представляет собой полотнище белого цвета прямоугольной формы. Отношение ширины флага к его длине составляет 2:3. От центра полотна к углам расходятся четыре черно-сине-черных луча, расширяющихся по мере приближения к границам флага. В самом центре, по направлению лучей, размещена малая эмблема Войсковой противовоздушной обороны — изображение перекрещенных золотых трех стрел и ствола зенитной пушки.

Элементы эмблемы символизируют:

 - зенитная пушка (пушка - символ силы, мужества, доблести и других высоких моральных качеств воина) - преемственность воинскими частями и подразделениями войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации славных боевых традиций первых воинских формирований в армии, предназначенных для уничтожения воздушных целей;

- три перекрещенные стрелы (стрела - символ целеустремленности и непреклонности) - целенаправленный порядок деятельности войсковой противовоздушной обороны Вооруженных Сил Российской Федерации (Сухопутные войска, Воздушно-десантные войска, Береговые войска Военно-Морского Флота).