История современного флага Центрального спортивного клуба Армии берет свое начало с 1962 года. Тогда начальнику ЦСКА полковнику Н.П. Щитову в торжественной обстановке впервые в истории Вооруженных сил был вручен флаг ЦСКА.

Новый флаг российского образца был вручен начальнику ЦСКА полковнику М.Н. Барышеву в торжественной обстановке Министром обороны РФ С.К. Шойгу 16 мая 2015 года в Олимпийском парке города Сочи.

В знамени российского образца объединены традиции и цветовая гамма современной знаменно-флажной системы Вооруженных сил Российской Федерации и исторические, красно-синие цвета Центрального спортивного клуба Армии. 

Флаг Федерального автономного учреждения Министерства обороны Российской Федерации «Центральный спортивный клуб Армии» представляет собой полотнище белого цвета прямоугольной формы. Отношение ширины флага к его длине составляет 2:3.

От центра полотна к углам расходятся четыре красно-сине-красных луча, расширяющихся по мере приближения к границам флага. В самом центре, перекрывая перекрестье лучей, размещена историческая эмблема ЦСКА – золотой щит, состоящий из сине-белого поля, обрамленный по нижней части лаврово-дубовым венком; вверху щита расположена красная звезда. На белом поле щита по диагонали проходит надпись «ЦСКА» красного цвета.