Был создан с целью централизации управления делами посадского населения 

на правах коллегии, став второй попыткой Петра в данном вопросе после Бурмистерской палаты.

Согласно указу, новый орган был призван «ведать всех купецких людей судом 

и о их делах доносить в Сенат, и рассыпанную сию храмину паки собрать». 

Его возникновение было связано с ростом торговли и промышленности, с возросшей ролью купечества в экономике страны.

Главный магистрат подчинялся непосредственно царю и Сенату, имел ряд смежных функций с Мануфактур-коллегией и Коммерц-коллегией. Возглавлял 

его обер-президент из дворян, которого назначал царь. Первым обер-президентом – стал князь Юрий Юрьевич Трубецкой. Под его началом находилось магистратское правление, которое состояло из бургомистров и ратсгеров из числа крупнейших купцов. Главный магистрат был главным начальственным учреждением над городскими магистратами других русских городов. 

В январе 1721 года был утвержден «Регламент, или Устав Главного магистрата», определивший его состав и функции. По Регламенту все горожане (посадское население) делились на «регулярных граждан», которые входили в гильдии и цехи, 

и «подлых» – тех, кто работал по найму и на «черных работах». В ведении магистрата находились торговые, ремесленные и другие права горожан – их переход из города 

в город, возврат выбывших из посадов, устройство ярмарок и прочее.

Руководство Главного магистрата над городовыми, учрежденными на местах, заключалось в координации работы всех магистратов, приеме жалоб 

на их постановления и апелляции на их судебные решения. Также он осуществлял контроль за распределением финансов в городах, ведал распределением и сбором податей, налогов и повинностей. С 1722 года косвенные сборы (таможенные, солевые, кабацкие и пр.) были оставлены в ведении городских магистратов. Главный магистрат контролировал также действия полиции и исполнение городскими магистратами возложенных на них полицейских функций.

В Санкт-Петербурге Главный магистрат выполнял функции и городского магистрата. 

В царствование Петра I он был главным органом городского управления, сосредоточившим в своих руках контроль за основными областями жизни российской столицы, – контролировал организации гильдий, цехов, содействовал развитию ремесел, торговли, мануфактур, городского хозяйства, осуществлял функции суда 

для торгово-промышленного населения и некоторые полицейские функции (регистрировал приезжавших в Петербург купцов и промышленников, при отъезде выдавал им паспорта или отпускные письма). 

Главный магистрат был упразднен в 1727 году указом Верховного тайного совета 

и временно заменен Ратушей, вновь создан в мае 1743 года как Контора Главного магистрата, но переведен в Москву (Елизавета Петровна восстановила его как одно 

из установлений Петра I). По предписанию Сената Главный магистрат стал подчиняться губернским властям и полиции. С 1775 года он стал почти исключительно судебным учреждением, рассматривал уголовные и гражданские дела лиц из купеческого 

и мещанского сословий. Екатерина II окончательно ликвидировала Главный магистрат в 1782 году.