11 декабря 1699 года Петр I учредил Андреевский флаг в качестве официального флага Российского военного флота.

Свой выбор император объяснял тем, что именно от апостола Андрея Россия приняла святое крещение, и поэтому, таким образом, ему хотелось увековечить имя святого.

Белое полотнище с синим крестом в форме буквы «Х» (на таком кресте, по преданию, принял мученическую смерть апостол Андрей) развевалось на мачтах российских кораблей до 1917 года. Под этим флагом совершались кругосветные плавания, открывались новые земли. Под ним шли в бой многие поколения русских моряков.

18 ноября 1917 года моряки, которые собрались на первый Всероссийский съезд военного флота, приняли решение поднять на всех судах Всероссийского военного флота вместо Андреевского флага красный флаг Интернационала. В советское время на кораблях ВМФ развевался государственный флаг СССР.

После распада СССР в 1991 году в качестве основного Военно-морского флага указом Президента РФ был введен исторический российский Андреевский флаг.

4 января 2001 года вступил в силу федеральный закон «О знамени Вооруженных Сил РФ, знамени Военно-Морского флота РФ, знаменах видов Вооруженных Сил РФ и знаменах других войск», в соответствии с которым знамя Военно-Морского Флота состоит из двухстороннего полотнища, древка с навершием, скобой и подтоком.

Военно-морской флаг РФ представляет собой белое прямоугольное полотнище, пересеченное синим диагональным (Андреевским) крестом.