Родился 14 марта 1684 года в дворянской семье. С 1699 года воспитывался в царском дворце. С 1702 по 1705 год обучался в Навигацкой школе. Несколько лет состоял денщиком при Петре I.

В 1708 году участвовал в разгроме шведского генерала Либекера. В 1710 году пожалован в штурманы. В 1711 году участвовал в Прутском походе, тогда же произведен в подпоручики гвардии. В 1713 году зачислен во флот унтер-лейтенантом, вскоре произведен в лейтенанты. В 1714 году участвовал в Гангутском сражении. В 1718 году произведен в капитан-лейтенанты. В 1719 году принимал участие в экспедиции галерного флота к шведским берегам. В 1720 году произведен в капитаны 3-го ранга. По заключении Ништадтского мира произведен в капитаны 1-го ранга. 

В 1722 году участвовал в Персидском походе. С 1726 по 1730 год в звании капитан-командора занимал должность главного командира Астраханского порта. В 1732 году произведен в контр-адмиралы, назначен советником Адмиралтейств-коллегии и руководителем строительства кронштадтского канала. Во время русско-турецкой войны в 1738 году непродолжительное время в Брянске наблюдает за постройкой судов Днепровской флотилии. С началом русско-шведской войны в 1742 году произведен в вице-адмиралы и назначен главнокомандующим Балтийским флотом. С 1742 по 1745 годы — главный командир Кронштадтского порта. В 1745 году назначен присутствовать в Адмиралтейств-коллегии. В этой должности в 1745 — 1750 годах несколько раз возглавлял флот в крейсерских походах по Балтийскому морю. 

В 1757 году с началом Семилетней войны произведен в адмиралы и вновь назначен командующим Балтийским флотом. В 1759 году освобожден от командования флотом и вновь назначен членом Адмиралтейств-коллегии.

В 1760 году вновь назначен командующим Балтийским флотом и получил приказ овладеть с моря Кольбергом. По результатам осады Кольберга была создана комиссия, которая признала Мишукова виновным, но простила его. Он был снят с командования флотом и определен в Адмиралтейств-коллегию. 

Вступивший на престол Петр III в мае 1762 года отправил Мишукова в отставку без пенсии.

Умер 1 декабря 1762 в Санкт-Петербурге. Похоронен в Александро-Невской лавре.