Родился 7 августа 1918 в  деревне Белоцерковка Одесской области. В 1936 году направлен по комсомольской путевке в Ленинград — поступать в Высшее военно-морское училище им. М. Фрунзе. Летом 1940 года молодой лейтенант Ямковой убыл для прохождения службы на Черноморский флот.

С первого дня Великой Отечественной войны Борис Ефремович — командир штурманской боевой части эсминца «Бдительный». Он защищал Одессу, Севастополь, воевал на Кавказе, участвовал в Керченско-Феодосийской десантной операции,
в высадке десанта под Новороссийском.

После войны Борис Ямковой продолжил осваивать теорию военной науки — окончил поочередно Военно-морскую академию и академию Генерального штаба. Служил на Северном, Тихоокеанском и Черноморском флотах. Был командиром Беломорской военно-морской базы Северного флота, командующим Камчатской военной флотилией Тихоокеанского флота, начальником штаба Черноморского флота, заместителем главнокомандующего Военно-Морским флотом СССР. С 1966 по 1971 годы командующий Камчатской военной флотилией Тихоокеанского флота. С 1971 по
1973 годы начальник штаба — первый заместитель командующего Черноморским флотом.

Адмирал Борис Ямковой участвовал в походе атомохода «Ленинский комсомол»
к Северному полюсу.

Умер в октябре 1991 года.