Родился 17 июня 1901 года в городе Рига Рижского уезда Лифляндской губернии. Военную службу в РККФ начал в 1918 году. Во время гражданской войны с сентября 1918 года по ноябрь 1921 года служил на должностях сигнальщика, помощника военного комиссара порт-базы, рулевого гидрографического судна «Полюс».

В 1919 году будучи сигнальщиком канонерской лодки №2 "Смелый" Онежской военной флотилии участвовал в боях с интервентами, был ранен. 

В начале 1920 года - комиссар одного из соединений флотилии. 

С ноября 1921 года по май 1925 года Владимир Антонович Алафузов проходил обучение в Училище командного состава флота.

 С мая 1925 года по январь 1926 года был помощником вахтенного начальника линкора «Марат». 

С января 1926 года по ноябрь 1927 года обучался на Специальных курсах комсостава ВМС РККА, после окончания которых вернулся на линкор «Марат», где проходил службуна должностях штурмана и старшего штурмана до ноября 1929 года. 

В ноябре 1929 года направлен для обучения на военно-морской факультет
Военно-морской академии имени Климента Ефремовича Ворошилова, который окончил в апреле 1932 года. 

С апреля 1932 года по декабрь 1935 года проходил службу на должностях начальника сектора оперативного отдела и начальника отдела боевой подготовки штаба флота.

 
В декабре 1935 года Владимир Антонович Алафузов был назначен на должность старшего помощника командира крейсера «Красный Кавказ». 

С апреля 1937 года по апрель 1938 года, во время Гражданской войны в Испании, номинально числясь на должности старшего помощника крейсера «Красный Кавказ», проходил службу в качестве советника при командующем республиканским флотом Испании.

В мае 1938 года назначен на должность начальника оперативного управления Главного морского штаба ВМФ СССР с полномочиями заместителя начальника Главного морского штаба. В октябре 1939 года, находясь на этой должности, в качестве члена Военно-морской комиссии СССР участвовал в переговорах с прибалтийскими странами. 

В период Советско-финской войны 1939-1940 года являлся представителем ГМШ
на Краснознамённом Балтийском флоте, одновременно занимая должность заместителя командующего этим флотом. 

С января 1940 года Владимир Антонович Алафузов — командир военно-морской базы в городе Палдиски. С марта того же года — заместитель начальника Главного морского штаба ВМФ СССР. 

4 июня 1940 года Владимиру Антоновичу Алафузову было присвоено воинское звание контр-адмирал. 

В июле 1940 года назначен на должность начальника оперативного управления флота-заместителя начальника Главного морского штаба ВМФ СССР.

С июня 1942 года исполнял обязанности начальника Главного морского штаба ВМФ СССР, неоднократно выезжал по поручению командования ВМФ на фронт, в том числе в Севастополь и в район действий Волжской военной флотилии под Сталинградом.

В феврале 1943 года назначен исполняющим обязанности начальника штаба Тихоокеанского флота. 27 января 1944 года Владимиру Антоновичу  Алафузову было присвоено воинское звание вице-адмирал, а в июне того же года он был назначен на должность начальника Главного морского штаба ВМФ СССР. 

В апреле 1945 года совместно с командующим Днепровской военной флотилией руководил действиями флотилии на реке Одер в Берлинской наступательной операции. С конца апреля 1945 года назначен на должность начальника
Военно-Морской академии имени Климента Ефремовича Ворошилова.

3 февраля 1948 года Владимир Антонович Алафузов был осуждён Военной коллегией Верховного суда СССР и приговорён к 10 годам лишения свободы. 10 февраля
1948 года постановлением Совета Министров СССР лишён воинского звания «адмирал».

13 мая 1953 года полностью реабилитирован и восстановлен в прежнем воинском звании «адмирал». С мая 1953 года по май 1958 года — заместитель начальника Военно-Морской академии имени Климента Ефремовича Ворошилова. 

С июня 1958 года в отставке. В 1958—1960 годах являлся научным референтом

при Главкоме ВМФ СССР. С августа 1964 года профессор-консультант Учёного совета Военно-Морской академии.

Скончался 30 мая 1966 года. Похоронен в Санкт-Петербурге на Серафимовском кладбище.