Родился 25 октября 1918 году в селе Кальнишовка Тывровского района Винницкой области в семье крестьянина. Окончил 2 курса Харьковского института инженеров транспорта. В ВМФ с 1939 года. В 1941 году окончил Высшее военно-морское училище имени М. В. Фрунзе.

Участник Великой Отечественной войны с июня 1941 года. В годы войны командовал торпедным катером, а затем звеном 2-й бригады торпедных катеров Черноморского флота. Старший лейтенант Пилипенко совершил свыше 300 боевых выходов в море.
Во время несения дозора, конвоирования кораблей и судов и высадки десантных групп он подбил три торпедных катера и потопил десантную баржу противника.
Громил врага при обороне Севастополя, Крыма, Кавказа, дошел с боями до Австрии.
16 мая 1944 года Владимир Степанович Пилипенко за мужество и героизм, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, был удостоен звания
Героя Советского Союза. Золотую Звезду и Орден Ленина ему вручал командующий Черноморским флотом адмирал Октябрьский. 

В послевоенные годы Владимир Степанович Пилипенко командовал бригадой торпедных катеров Черноморского флота. В 1952 году окончил командный факультет Военно-морской академии имени К. Е. Ворошилова. Службу в Военно-Морском Флоте закончил в должности начальника Калининградского высшего военно-морского училища.

С 1982 года вице-адмирал Пилипенко находился в отставке, жил в Севастополе, принимал активное участие в военно-патриотическом воспитании флотской
и городской молодежи. 

Владимир Степанович Пилипенко скончался 13 марта 2005 года.