Важную роль в упорядочении военной системы управления сыграли созданное в 1802 году министерство военно-сухопутных сил, позднее переименованное в военное министерство, и пересмотр существовавшего управления действующей армии. 

   

Военное министерство было создано наряду с другими министерствами взамен устаревшей формы коллегий. Военная коллегия сохранялась до 1812 года, но она была подчинена министру военно-сухопутных сил, являлась его совещательным органом. С образованием военного министерства управление армией перешло к военному министру. С 1808 года военным министром был Аракчеев, а с 1810 года – Барклай-де-Толли. Перед войной 1812 года военное министерство состояло из 7 департаментов: артиллерийского, инженерного, инспекторского, комиссариатского, провиантского и медицинского, возглавляемых директорами, общей канцелярии военного министерства, совета министра (совещательный орган) и особых установлений (военно-ученый комитет, военно-топографическое депо и особая секретная канцелярия).

   

В 1815 году был создан главный штаб его императорского величества. Начальник главного штаба возглавлял военное управление, военный министр был подчинен начальнику Главного штаба, он входил в Главный штаб как второе лицо. Идея создания Главного штаба заключалась в том, чтобы разделить строевую и хозяйственную части. Строевая часть с соответствующими департаментами вверялась начальнику штаба. Военному министру непосредственно подчинялись департаменты: комиссариатский, провиантский и медицинский и только в хозяйственном отношении департаменты артиллерийский и инженерный. Создание Главного штаба и разделение управления строевой и хозяйственной частью между двумя лицами, по существу, раздробляло управление армией. Следовательно, правильная идея была организационно закреплена неудачно, нарушив единство управления армией. В 1832 году высшее военное управление вновь было сосредоточено в военном министерстве.

     

Перед войной 1812 года улучшилась служба квартирмейстерской части – Генерального штаба, значительно повысился авторитет его офицеров, организованнее стала их подготовка. Изданное руководство к отправлению службы чиновникам (офицерам) дивизионного генерал-штаба для своего времени правильно определяло круг обязанностей офицеров квартирмейстерской части. Они должны, говорится во вступлении к Руководству, обеспечить безопасностью и противопоставить неприятелю преграды, трудные к преодолению; знать, с которой стороны и в чем состоит чувствительнейший и решительный вред, какой только можно нанести неприятелю. Офицер квартирмейстерской части, говорится далее в Руководстве, есть истинный помощник командующему генералу, он облегчает ему все затруднения и приготовляет начальные основания для его предприятий и успехов. Он должен знать образ устройства войск, их эволюции и порядок отправления службы как его фронтовой, так и внутренней части; познание устройства вождения, расположения войск, или тактики, есть главнейшая его должность.